據(jù)悉，斯坦福大學(xué)等研究機構(gòu)的研究人員建立了一個名為Tabula Muris的開源數(shù)據(jù)庫，收錄了小鼠的多個細(xì)胞類型及其基因表達(dá)數(shù)據(jù)。這項成果于上周發(fā)表在《Nature》雜志上。

研究者利用熒光活化細(xì)胞分選（FACS）方法和微流體液滴捕獲方法，從小鼠20個不同器官中分離出超過10萬個細(xì)胞，并開展單細(xì)胞RNA測序。這些數(shù)據(jù)讓人們能夠比較各個細(xì)胞類型和組織間的基因表達(dá)，從而更深入地了解細(xì)胞多樣性。

團隊成員以三只雌性小鼠和四只雄性小鼠為研究對象，利用FACS方法分離出44,949個細(xì)胞，并利用微流體方法分離出55,656個細(xì)胞。為了確定細(xì)胞類型，研究人員獨立分析每個器官，并使用聚類分析。

研究人員挑選出各個器官（包括腦、心臟、胰腺和胸腺等）的細(xì)胞，然后開展單細(xì)胞RNA測序，以獲取每個細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄組。研究人員指出，F(xiàn)ACS方法和微流體方法在大量基因表達(dá)譜上基本一致。

之后，研究人員又利用t-SNE算法來觀察各種器官的不同細(xì)胞類型之間的關(guān)系。他們發(fā)現(xiàn)，不同器官的細(xì)胞常常混在一起。他們還對每個組進(jìn)行異質(zhì)性評分，以評估它們是否由相關(guān)或不相關(guān)的細(xì)胞類型組成。

研究人員進(jìn)一步發(fā)現(xiàn)，轉(zhuǎn)錄因子表達(dá)可以大致定義細(xì)胞類型。在用1,016個轉(zhuǎn)錄因子的平均表達(dá)來分類細(xì)胞時，他們發(fā)現(xiàn)此時產(chǎn)生的樹狀圖與利用所有基因產(chǎn)生的樹狀圖大體相似。當(dāng)他們用細(xì)胞表面標(biāo)志物或RNA剪接因子來重復(fù)此分析時，發(fā)現(xiàn)情況并非如此，表明轉(zhuǎn)錄因子能夠更好地確定細(xì)胞類型。

研究人員認(rèn)為，這種細(xì)胞圖譜有助于細(xì)胞重編程。此外，小鼠的轉(zhuǎn)錄組圖譜也有助于發(fā)現(xiàn)新的細(xì)胞類型，揭開不同細(xì)胞類型的基因表達(dá)，并比較各個器官的細(xì)胞。